Cílem doktorského studia je výchova k samostatné vědecko-výzkumné práci v oboru, která zahrnuje jak rozvoj tvůrčí činnosti v oblasti metodologie a teorie, tak i prohlubování empirické zdatnosti v archeologii. Student získá vynikající znalost movitých i nemovitých archeologických pramenů, na vysoké úrovni si osvojí archeologickou teorii a samostatně dokáže aplikovat terénní, laboratorní a další metody výzkumu, a to včetně pokročilého zvládnutí formalizovaných postupů a moderních technologií. Během studia realizuje kandidát doktorské vědecké hodnosti úspěšně výzkumný projekt, který přinese nové poznatky v oboru a jehož výstupem bude disertační práce. Velký důraz je kladen na interdisciplinární přístup a rozvíjení spolupráce s kontaktními disciplínami.
Doktorský studijní program navazuje na magisterský obor Archeologie, ale je otevřen i absolventům dalších historických a příbuzných oborů rozvíjejících příslušné přesahy v oblasti interdisciplinární spolupráce. V rámci „Doktorandské školy archeologie“ je program realizován ve spolupráci s Archeologickým ústavem AV ČR, Praha, v.v.i. a s Archeologickým ústavem Filozofické fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, a to společnou výzkumnou činností se zapojením doktorandů i působením pedagogů a školitelů z těchto institucí v rámci studijního programu.
Doktorský studijní program navazuje na magisterský obor Archeologie, ale je otevřen i absolventům dalších historických a příbuzných oborů rozvíjejících příslušné přesahy v oblasti interdisciplinární spolupráce. V rámci „Doktorandské školy archeologie“ je program realizován ve spolupráci s Archeologickým ústavem AV ČR, Praha, v.v.i. a s Archeologickým ústavem Filozofické fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, a to společnou výzkumnou činností se zapojením doktorandů i působením pedagogů a školitelů z těchto institucí v rámci studijního programu.