Katedra archeologie zajišťuje výuku archeologie, zejména archeologie pravěku, středověku a novověku. Řada vyučujících patří mezi naše špičkové vědecké pracovníky. Cílem výuky archeologie na ZČU je výchova vysokoškoláků na základě archeologie. Absolventi mají získat hluboké vědomí o artefaktovém dědictví minulosti a jeho významu pro současné lidstvo a současně si osvojit řadu znalostí a dovedností, které jiné společenskovědní obory neposkytují (rozsáhlé použití počítačového softwaru, například databází a geografických informačních systémů, použití GPS, digitální fotografie, leteckého snímkování atd.). Jedním z cílů je také výchova specialistů pro práci v archeologii a příbuzných disciplínách a příprava studentů pro další vzdělávání v archeologii.

Katedra archeologie vytváří badatelské centrum v podobě obdobné západoevropským univerzitám. Rozvíjí základní výzkum v teoretické i terénní archeologii, řeší problémy archeologické metodologie, prostorové a nedestruktivní archeologie, vytváření komplexních archeologických databází a zpracování prostorových archeologických dat s využitím geografických informačních systémů.